Свою деятельность Балтийская таможня осуществляет на таможенных постах приближенных к таможенной границе Российской Федерации, расположенных в Большом порту СПб, Кронштадтского района СПб, г. Ломоносов СПб, многосторонних морских пунктах таможенного контроля Василеостровском, Невском, Базе Литке на острове Котлин, Ленинград. В общей сложности под контролем Балтийской таможни и ее таможенных постов находится более 130 причалов, общей протяженностью свыше 16 км.
В настоящее время в составе Балтийской таможни функционируют следующие таможенные посты:
Центральный таможенный пост, головной офис – СПб, улица Двинская дом16. Данный таможенный пост выполняет таможенное оформление и контроль на территории Пассажирского порта Санкт-Петербурга, специалистами таможенного поста производится контроль прибывающих и убывающих пассажиров, морских судов, а также перевозимых ими товаров, как выгружаемых, так и нет. После модернизации комплекса «Морской фасад» в пассажирском порту Санкт-Петербурга на его базе планируется создание таможенного поста «Пассажирский порт Санкт-Петербург»
Пушкинский таможенный пост, головной офис – поселок Шушары, Московское шоссе дом 54
Данный таможенный пост ведет свою деятельность на территории терминалов ЗАО «Первый контейнерный терминал». Данный мультимодальный пост ориентирован на проведение таможенного оформления автомобильных запчастей и комплектующих. Данный таможенный пост может работать в режиме «Сухого порта» для чего упрощена процедура доставки на него груза из «Большого порта СПб». Таможенным постом производится контроль и оформление грузов прибывающих железнодорожным и автомобильным транспортом.
«Турухтанный (центр таможенного оформления)» таможенный пост, головной офис – г. СПб, третий район Морского порта.
Таможенный пост «Лесной порт», головной офис – остров Вольный дом №1 лит. Б. данный таможенный пост ведет свою деятельность на территории стивидорной компании «Петролеспорт».
Таможенный пост «Гавань», головной офис – г. СПб, улица Гапсальская дом 4.
Таможенный пост «Кронштадтский», головной офис – База Литке.
- Центральный таможенный пост
- Пушкинский таможенный пост
- Турухтанный таможенный пост
- Таможенный пост Лесной порт
- Таможенный пост Гавань
- Таможенный пост Кронштадтский