На основании материалов, предоставленных Федеральной таможенной службой, московское межрегиональное следственное управление на транспорте возбудило уголовное дело. Данное уголовное дело возбуждено по факту занижения стоимости самолетов при ввозе авиакомпанией «Оренбургские авиалинии» на территорию России двух самолетов Boeing 737-800. По мнению таможенников, когда в 2008 и 2009 годах авиакомпания ввозила на территорию Россию два Boeing 737-800, стоимость самолетов в таможенной декларации была занижена. Непонятным остается тот факт, почему материалы о нарушении были представлены только спустя три-четыре года.
Авиакомпания действительно закупает самолеты в лизинг через западные лизинговые компании и первый Boeing 737-800 был получен как раз в 2008 году. Две сделки были совершены и в 2011 году на сумму в $25,1 млн. каждая. Глава аналитической службы агентства «Авиапорт» Олег Пантелеев пояснил, что сложившаяся цена на мировом рынке без учета налогов в 2011 году на Boeing 737-800 была на уровне $23,8 млн. При этом он считает, что для объективного расследования достаточно будет запросить у лизинговой компании реальную стоимость сделки.